Saarnivaara toimi Tekesin pääjohtajana vuodet 2000–2012, ja hänen toiminnallaan on ollut suuri vaikutus silloisen Teknillisen korkeakoulun, nykyisten Aalto-yliopiston tekniikan korkeakoulujen tutkimustoiminnan kehittymiseen, kansainvälistymiseen ja yritysyhteyksien vahvistumiseen.
Veli-Pekka Saarnivaara oli Teknillisessä korkeakoulussa yli kymmenen vuoden ajan tutkimus- ja opetustehtävissä yliassistenttina, apulaisprofessorina ja myöhemmin dosenttina. Hän on toiminut ohjaajana ja vastaväittäjänä useissa väitöskirjoissa ja oli myös käynnistämässä TKK:n tutkijakoulutusta.
Teknillisen korkeakoulun tukisäätiö on suomalaisen teollisuuden vuonna 1979 perustama säätiö, jonka tarkoituksena on Aalto-yliopistossa suoritettavan teknistieteellisen tutkimuksen tukeminen ja siihen liittyvän opetustoiminnan edistäminen. Osana Teknillisen korkeakoulun perinteiden ylläpitoa säätiö sai Aalto-yliopiston syntyessä tehtäväkseen mm. TKK:n mitalien jakamisen.